Ensimmäisen persoonan toiminta räjähtää Macintoshiin Duke Nukem 3D Atomic Editionissa, kun ärtyisä sankari puolustaa ihmisrotua hakkaamalla avaruusolentoja 39 tasolla jatkuvaa sekasortoa ja verilöylyä. Duke Nukem juoksee tappavalla arsenaalilla pistooleja, haulikoita, kranaatteja, konekiväärejä, miinoja, tykkejä, pommeja ja paljon muuta, juoksee, ui, kärpäsiä (rakettireppu), ryömii ja hyppää tiensä neljän jakson läpi: LA Meltdown, Lunar Apocalypse, Shrapnel City ja The Birth. Neljän vaikeustason avulla pelaajat voivat rentoutua toimintaan tai hyökätä kaikkien aseiden pauhatessa alusta alkaen, kun Duke kohtaa maanjäristyksiä, pilvenpiirtäjiä, kanjoneita, viemäreitä ja paljon muuta. Tasot ovat täynnä terveyttä parantavia tai parantavia esineitä (lääkintäpakkaukset, panssarit) ja varusteita (rakettireppu, yönäkölasit, steroidit, saappaat, sukellusvarusteet ja avainkortit) sekä laaja valikoima vihollisia ja hahmoja. Rynnäkkösotilaat ja kapteenit, sikapoliisit, tankit, droonit, tiedustelupartiot, Octabrain Protozoid Slimers -valvojat ja monet muut väijyvät monilla tasoilla odottamassa Dukesin erityistä kontaktimerkkiä. Moninpeli DukeMatch mahtuu jopa kahdeksan kilpailijaa lähiverkon tai Internetin kautta sekä kahden pelaajan modeemiottelu. Väärennetyn moninpelivaihtoehdon avulla solistit voivat pelata yhdestä seitsemään tietokoneohjattua pelaajaa vastaan säädettävällä tekoälyllä äärimmäisiä haasteita varten. Duke Nukem 3D Atomic Edition tukee hiiren joystick-peliohjainta ja näppäimistön ohjaimia.