Olet Alex Mercer, muodonmuuttaja, joka hallitsee täysin geneettistä rakennettaan ja vaeltelee New Yorkin kaduilla etsien menneisyyttäsi. New Yorkissa kytee salainen sota. Ensin käy taistelu median tutkan alla, sitten katso, kuinka virus riistäytyy käsistä ja hallitus ottaa median haltuunsa pysäyttääkseen tiedon leviämisen. Kohtaa jatkuvasti kasvava armeija tartunnan saaneita olentoja, joita virus on vääristänyt ja muuttanut. Sen levitessä yhä suurempi osa New Yorkista joutuu sen hallintaan. Virus korvaa olennon olemassa olevan genetiikan, vääristää ja muuttaa sen muotoa joksikin muuksi, suunnitelluksi. Viruksen kerääessä armeijaansa kiirehdi selvittämään sen takana oleva salaisuus – yksi asia, joka voi pysäyttää kaiken ennen kuin kaupunki raunioituu. Teitä molempia vastaan ​​on Project BLACKWATCH, armeijan asiantuntijoiden eliittijoukko, joka on valmis pysäyttämään viruksen leviämisen hinnalla millä hyvänsä. Nämä agentit ovat nähneet kaiken ennenkin ja haluavat jäljittää sinut ja tuoda sinut sisään kuolleena tai elävänä. He ovat jopa valmiita toteuttamaan lopullisen ratkaisun New Yorkissa tarvittaessa. Heidän tehtävänään on täydellinen eristäminen, vaikka se tarkoittaisikin, että kaikkien New Yorkissa on kuoltava. Kamppaile määritelläksesi, kuka olet - ihminen vai hirviö. Kummitteletko kaupunkia kasvottomana tappajana vai pelastatko sen viruksen kauhuilta? Autatko BLACKWATCHia sen metsästyksessä vai liitytkö voimasi viruksen kanssa ja alistatko ihmiskunnan? Vie voimasi äärirajoille ja avaa geneettiset kahleet, jotka pitävät sinua kurissa.