S.T.A.L.K.E.R. Clear Skyn tarina tuo pelaajat vuotta ennen alkuperäisen S.T.A.L.K.E.R.-pelin tapahtumia vuonna 2011. Ryhmä vainoajia on ensimmäistä kertaa saavuttanut vyöhykkeen ytimen - Tšernobylin ydinvoimalan - ja saa aikaan katastrofin katastrofin partaalla. Poikkeavan energian valtava purkaus muuttaa vyöhykettä. Luotettavampia ja suhteellisen turvallisia teitä ei ole. Koko tasot katoavat poikkeavuuksien purkauksissa. Stalkerit ja jopa retkikunnat kuolevat tai päätyvät sinetöityinä kadonneille alueille. Uudet alueet, jotka ovat pysyneet tuntemattomina vyöhykkeen syntymisen jälkeen, näkyvät vyöhykekartalla. Zone tärisee edelleen räjähdyksillä. Vyöhyke on epävakaa. Poikkeava aktiivisuus on suurimmillaan. Stalkerien tuntemat vyöhykekartan muutokset horjuttavat vyöhykkeen haurasta voimatasapainoa. Ryhmittymien keskuudessa liekehtii vihollisuuksia uusille alueille, esinekentille ja vaikutusalueille. Vanhoja vihollisia tai ystäviä ei enää ole - nyt jokainen on itselleen. Ryhmittymien välinen sota on alkanut. 10 tuntia pääjuonipeliä 5 täysin uutta tasoa - Swamps, Red Forest, Ruined Hospital, Limansk ja Military Ordnance Yard 8 merkittävästi uudelleen suunniteltua tasoa alkuperäisestä pelistä - Cordon Garbage Dark Valley Agroprom Agroprom Undergrounds, Yantarin armeija ja asema Aseiden ja panssarien päivitykset Mahdollisuus korjata aseita Päivitetyt poikkeamien ja artefaktien käsitteet - harvinaisia poikkeavuuksia ei voi nähdä, ja ne havaitaan ilmaisimilla 36 asetyyppiä 4 moninpelitilaa 12 Moninpelin kartat